経済産業省中小企業庁が行うIT導入補助金や厚生労働省（社会保険診療報酬支払基金）が行う医療情報化支援基金等（ICT基金）をはじめとして、さまざまな管轄機関が電子カルテで使用できる補助金を公表しています。

補助金に関する情報は、以下の特集ページをご覧ください。制度の内容や弊社の対象製品、対象者などの確認が1ページで完結します。

特集ページはこちらから：補助金・税制のご紹介（電子カルテ・レセコン・電子薬歴の導入の方へ）

なお、東京都が所在地の診療所については「令和7年度診療所診療情報デジタル推進事業」も候補に挙げられます。2025年8月29日までが申請期限のため、タイミングが合う場合は積極的に活用しましょう。

詳しい内容について以下の記事で解説しています。あわせてご覧ください。

参考記事：【2025年度版】東京都診療所向け電子カルテ補助金の導入手順を解説

ここからは、診療所の状況ごとにどのような補助金が適しているのか、導入や移行のメリットを整理して提示します。

パターン1：電子カルテ未導入の診療所

電子カルテを新規で導入する診療所の場合「IT導入補助金（通常枠） 」の活用が現実的です。補助上限は150万円と限定的ですが、年に複数回の申請機会が設けられているため、利用しやすい制度といえるでしょう。
具体的な導入のメリットと、やるべきことは以下のとおりです。

【導入のメリット】

• クラウド型電子カルテなら初期費用を抑えられる
• 標準規格に対応した製品を選ぶことで、他院との連携もスムーズに
• レセコンと一体型のシステムなら、業務効率が大幅に向上

【やるべきこと】

• IT導入支援事業者として登録されているITベンダーを選定
• 補助金申請に必要な書類を準備
• 次回の公募時期にあわせて申請

パターン2：オンプレミス型の電子カルテを導入済みの診療所

すでにオンプレミス型の電子カルテを利用している診療所でも、クラウド型に移行することでIT導入補助金のインボイス枠を活用できる可能性があります。とくに、導入から5年以上経過している場合や、サーバー管理の負担で悩んでいる場合は、システム更新のタイミングといえるでしょう。

オンプレミス型からクラウド型への移行で考えられるメリットと、やるべきことは以下のとおりです。

【移行によるメリット】

• サーバー管理が不要になり、運用負担が軽減
• 災害時のデータ保護（BCP対策）
• 在宅医療や訪問診療での活用が容易
• 標準規格への対応が進んでいる

【やるべきこと】

• クラウド型で業務効率化が叶うかどうかを確認する
• IT導入支援事業者として登録されているITベンダーを選定
• 現行システムとの並行稼働期間を設け、余裕を持って移行する

ここからは、IT導入補助金をどのように使い、どのようなスケジュールで進んでいくのか、具体例を交えながら解説します。

申請要件の詳細

医療法人が申請要件に該当します。定義では従業員数が300人以下の場合と記載されているため、多くの診療所が当てはまるでしょう。
申請要件に含まれている経費は、以下のとおりです。

• ソフトウェア購入費
• クラウド利用料（最大2年分）
• 導入関連費（マイグレーション、研修費等）

補助金の対象となる電子カルテ例：メディコム

補助金対象の電子カルテは複数あり、ウィーメックスのメディコムシリーズもその1つです。以下の強みを持っており、診療所向け電子カルテ 診療所シェアNo.1 ※の評価を受けています。

※出典：株式会社富士経済「2023 医療・ヘルスケアDX関連市場の現状と将来展望」より2022年企業シェア・金額ベース　診療所向け電子カルテ（PHC実績）

【メディコムの強み】

• 50年以上のレセプトコンピューター開発実績に基づく使いやすい機能設計
• 標準規格（HL7 FHIR等）への対応
• 補助金申請のサポート体制が充実

適した製品の選び方や、個別の補助金活用アドバイスにつきましては、お近くの弊社営業所へ直接もしくはフォームからお問い合わせください。

申請から導入までのスケジュール

IT導入補助金は申請してから運用開始まで、およそ6か月かかると見込まれます。フェーズごとに要する期間の目安とタスクを洗い出しました。準備の参考になさってください。

• 事前準備期間（1か月）
  • gBizIDプライムの取得
  • 必要書類の準備
  • ITベンダーとの打ち合わせ
• 申請期間（2週間）
  • 申請書類の作成
  • ITベンダーによる申請支援
  • オンライン申請
• 審査期間（1か月）
  • 審査結果を待つ
  • 追加資料の提出（必要な場合）
• 導入期間（2-3か月）
  • システム導入
  • 運用開始

今後の電子カルテは、情報共有が容易にできるよう標準化が進んでいきます。そこで基本になるのが標準規格化への対応です。これから電子カルテを導入する場合や、切り替える場合のシステム選定のポイントとなるため、詳細を解説します。

医療DX推進における標準規格化の重要性

厚生労働省は、医療DXの推進において標準規格化を重要な柱として位置づけています。なぜなら、異なる医療機関やシステム間でのデータ連携を可能にし、患者情報の共有や医療の質向上を図るためです。
標準規格化に対応した電子カルテのメリットは、以下のとおりです。

• 他院との患者情報連携がスムーズ
• システム変更時のデータ移行が容易
• 地域医療連携への参加が可能

システム更新のタイミングがチャンス

厚生労働省の方針では「5～7年ごとのシステム更改のタイミングで、標準規格化を促す」とされています。つまり、次回のシステム更新時には、標準規格対応が実質的に必須となる可能性が高いと解釈できます。

メディコムの標準規格対応状況

ウィーメックスのメディコムシリーズは医療情報の標準規格化に早期から取り組んでおり、以下の規格に対応しています。

• HL7 FHIR：医療情報交換の国際標準規格
• SS-MIX2：厚生労働省標準規格
• オンライン資格確認

将来的な補助金制度にも確実に対応できるため、安心して長期にわたって利用いただけます。

ここからは、補助金申請時によく起こる失敗と回避策を紹介します。採択率を高めるための参考としてご一読ください。

よくある申請ミスと回避方法

補助金の申請で起こりうる3つのミスと、考えられる回避方法をまとめました。

ミス1：gBizIDプライムの取得遅れ

• 申請の数か月前から事前の準備を開始する
• 取得には申請してから2～3週間かかることを想定しておく

ミス2：必要書類の不備

• チェックリストを活用し、確実性を高める
• ITベンダーにダブルチェックをお願いする

ミス3：申請期限ギリギリの提出

• 締め切りの１週間前までに提出を完了させる
• 万が一のシステムトラブルに備え、紙媒体でバックアップをとっておく

【重要】信頼できるITベンダーを選ぶ

補助金申請の成否は、ITベンダー選びで大きく左右されます。信頼できるITベンダーの条件をまとめたため、選定の参考になさってください。

• IT導入支援事業者として登録されている
• 豊富な補助金申請のサポート実績を有している
• 申請書作成の具体的な支援が受けられる
• 不採択時のフォロー体制がとられている

不採択になった場合の対応

万が一、不採択となった場合も諦める必要はありません。以下を参考に次のアクションへ移りましょう。

• 不採択理由の分析
  • 審査結果を詳細に確認
  • ITベンダーと改善点を協議
• 次回申請への準備
  • 年3-4回の申請機会を活用
  • 申請内容をブラッシュアップ
• 代替案の検討
  • リース契約の活用
  • 段階的導入の検討

これまでの内容を踏まえて、自院でやるべきことを整理してお伝えします。チェックリスト形式にしているため、進行状況にあわせてご活用ください。

1. 自院の状況確認チェックリスト

現状を可視化し、正確に把握するためのチェックリストは以下のとおりです。

2. 補助金申請準備リスト

申請に際し、準備状況を確認するためのチェックリストは以下のとおりです。

なお、事業計画については、IT導入支援事業者と分担して入力し作成します。次項で伝えるITベンダーへの相談ポイントの1つとして、サポート内容を確認するようにしましょう。

3. ITベンダーへの相談ポイント

ITベンダーに相談する際は、以下の点を確認しましょう。

• 補助金対応について
  • IT導入支援事業者としての登録状況
  • 過去の補助金申請実績
  • 申請サポートの具体的内容
• システムについて
  • 標準規格への対応状況
  • 他システムとの連携性
• サポート体制
  • 導入時の研修体制
  • 運用開始後のフォロー
  • トラブル時の対応

ここからは、補助金に関してよくある質問7つをQ&A形式でまとめています。

Q1. 補助金の併用は可能ですか？

A. 原則として、同一の経費に対して複数の補助金を併用することはできません。ただし、異なる経費項目であれば、複数の補助金を活用できる場合があります。詳しくは各補助金の公募要領をご確認ください。

Q2. レセコンと電子カルテの同時導入は可能ですか？

A. 可能です。むしろ、一体型の電子カルテを導入することで、業務効率が大幅に向上します。メディコムでは、レセコン機能を含む医事一体型電子カルテを提供しています。

Q3. 標準規格化対応は必須ですか？

A. 現時点で必須ではありませんが、厚生労働省の方針により、今後は標準規格対応が補助金の要件となる可能性が高いです。将来を見据えて、今から標準規格対応製品を選ぶことをおすすめします。

Q4. 小規模な診療所でも申請できますか？

A. もちろん申請可能です。むしろ、小規模診療所こそ補助金を活用することで、限られた予算で電子カルテを導入できます。

Q5. 申請が不採択になった場合、再申請できますか？

A. はい、できます。IT導入補助金は年に3〜4回の公募があるため、不採択となっても次回に再チャレンジ可能です。不採択理由を分析し、内容を改善して申請することで、採択率が向上します。

電子カルテ導入の補助金は、制度が複雑で申請も大変そうに見えますが、適切なITベンダーのサポートがあれば、決して難しくありません。

国が医療DXを推進している今こそ、補助金を活用して電子カルテを導入する絶好のタイミングです。

ウィーメックス株式会社は、診療所の先生方の電子カルテ導入をワンストップでサポートしています。

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